施工单位预缴增值税的方法如下：

预收工程款时的预缴

纳税人提供建筑服务取得预收款时，应以取得的预收款扣除支付的分包款后的余额，按照规定的预征率预缴增值税。预征率根据企业类型（一般纳税人或小规模纳税人）和计税方法（一般计税方法或简易计税方法）的不同而有所差异。

一般纳税人跨县（市、区）提供建筑服务，适用一般计税方法的，预征率为2%；适用简易计税方法的，预征率为3%。

小规模纳税人跨县（市、区）提供建筑服务的，预征率为1%。

在建筑服务发生地的预缴

纳税人跨县（市、区）提供建筑服务，无论适用一般计税方法还是简易计税方法，均应在建筑服务发生地预缴税款。

预缴税款计算公式为：应预缴税款 = （全部价款和价外费用 - 支付的分包款） ÷ （1 + 预征率） × 预征率。

预缴税款需提交的资料

《增值税预缴税款表》。

与发包方签订的建筑合同原件及复印件。

与分包方签订的分包合同原件及复印件。

从分包方取得的发票原件及复印件。

预缴税款后的申报

预缴税款后，施工单位应在机构所在地进行申报纳税。

一般纳税人申报时，需全额征税，减去已预缴的税款。

简易计税方法下，按差额征税，减去已预缴的税款。

外出经营证明的办理

施工单位需先在公司所在地税务局申请办理外出经营证明，然后携带外管证和施工合同去项目所在地税务局进行备案。

其他特殊情况

纳税人增值税税负低于预征率，经国家税务总局批准后，可以免征预缴增值税。

某些情况下，如疫情期间，可能无需在工程所在地预缴增值税。

以上是施工单位预缴增值税的详细步骤和注意事项，建议在实际操作中参照最新的税法规定和相关公告。