公路工程施工管理的核心在于确保工程的质量、安全、进度和成本得到有效控制。以下是针对如何管理施工单位的一些建议：

建立完善的内部管理制度：

施工单位应建立严谨规范的内部约束、考核、激励机制，用制度管人，用规章管理工程。这包括制定详细的管理制度和章程，确保施工过程中的每个环节都有法可依。

加强管理人员培训：

提升管理人员的专业技能和管理水平，强化质量意识，确保施工管理的高效执行。通过定期的业务、技术培训和技术交底，使相关人员对工程的技术标准、操作规程、质量控制、资料整理有全面的了解。

规范设计变更流程：

建立规范化的设计变更审批程序，减少变更对施工的影响，确保设计变更的合理性和经济性。

构建质量保证体系：

制定系统的质量保障措施，严格执行行业法规，完善管理制度，加强工序质量监督，确保工程质量。

完善施工管理机制：

创新管理机制，建立专业的施工管理团队，提高管理效率，做好安全风险防范，合理安排施工进度。

加强施工现场安全管理：

建立有效的安全生产管理体系，制定切实可行的安全保障制度，落实安全生产管理措施，加强现场生产管理，落实安全检查制度，落实安全生产教育制度，特别是农民工的安全教育，落实安全生产管理方案与应急预案，加强危险源的识别与控制。

加强监管部门的作用：

县级交通主管部门应通过建立健全相应的管理制度，加强对公路工程业主及施工单位的监管。这包括制定施工规范和标准，加强对施工单位的资质审核和监管，加强工程进度管理和节点监督，定期进行技术现场检查和质量检测，并对违规行为进行严厉处罚。

促进业主和施工单位的沟通协调：

加强业主和施工单位之间的沟通协调，促进合作，确保公路工程建设的顺利进行。

通过上述措施，可以有效地管理施工单位，确保公路工程的质量、安全、进度和成本得到有效控制，从而提高工程的整体效益。