南阳卫校开设的课程主要分为公共基础课程模块、专业基础课程模块和专业课程模块。具体课程如下：

公共基础课程模块

德育

语文应用基础

信息技术基础

专业基础课程模块

无机与分析化学基础

有机化学

解剖生理学基础

生物化学基础

病原生物与免疫学基础

药用植物学基础

专业课程模块

中医药学概论

天然药物学基础

天然药物化学基础

药物化学基础

药物分析

药剂学

药理学与药物治疗学基础

药事管理学

此外，南阳卫校还开设了一些专业方向的课程，例如：

口腔专业：口腔医学相关课程

眼视光技术：眼视光学相关课程

专业农村医学专业：农村医学相关课程

麻醉学专业：麻醉学相关课程

制药工程专业：制药工程相关课程

药品经营管理专业：药品经营管理相关课程

护理专业：护理学相关课程

高级护理专业：高级护理学相关课程

康复治疗专业：康复治疗学相关课程

针灸推拿专业：针灸推拿学相关课程

中药专业：中药学相关课程

医学检验专业：医学检验学相关课程

中医学专业：中医学相关课程

临床医学专业：临床医学相关课程

药学专业：药学相关课程

助产专业：助产学相关课程

医学美容技术专业：医学美容技术相关课程

老年服务与管理专业：老年服务与管理相关课程

预防医学专业：预防医学相关课程

涉外护理专业：涉外护理相关课程

食品营养与检测专业：食品营养与检测相关课程

药品生产技术专业：药品生产技术相关课程