控制发票超额的方法包括：

向税务机关申请提高发票限额

如果企业需要开具超过当前限额的发票，可以向主管税务机关提出提高发票限额的申请。通常，企业需要提供相关的业务资料和说明，以便税务机关评估并决定是否批准申请。

多领多开发票消化超过的限额

企业可以通过多领发票的方式来消化已经开具但尚未使用的超额部分。这种方法适用于发票使用量暂时超过限额的情况。

申请最高开票限额

企业可以申请最高开票限额，即单份专用发票开具的销售额合计数不得超过的上限额度。这需要企业根据实际经营情况向税务机关提出申请，并经过审批。

及时纠正错误

一旦发现开票超额的情况，企业应立即采取措施纠正错误，将发票金额调整为实际交易金额。可以通过开具红字发票或者进行发票冲销等方式进行调整。

主动向税务部门报告

如果企业发现个人存在开票超额的情况，应主动向税务部门报告，并提供相关的材料和解释。主动报告能够减轻税务部门的处罚，并展示企业的诚信和合作态度。

合规培训和监督

企业应加强内部控制，包括对开票人员的培训和监督，确保开票操作的准确性和合规性。通过培训和监督，提高员工对税法规定的认识和理解，降低开票超额的风险。

审查和审计

定期对开票操作进行审查和审计，发现问题及时纠正。可以通过内部审计或者请专业机构进行外部审计，确保开票操作的合规性和准确性。

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