赔偿货物的开票问题需要根据具体情况来判断。以下是几种可能的情况和相应的处理方式：

非应税赔偿款

如果赔偿款是由于货物损坏或丢失，且赔偿方不是货物供应商，那么这笔赔偿款通常不属于增值税应税行为，因此不需要开具发票。

在这种情况下，赔偿方可以开具赔偿款收据给赔偿方，赔偿方凭赔偿协议和收据入账进行税前列支。

应税赔偿款

如果赔偿款是因为货物供应商销售货物给购买方，并且由于货物问题导致的赔偿，那么这笔赔偿款属于增值税应税行为。

在这种情况下，货物供应商需要按照所销售货物的适用税率开具增值税发票。

价外费用

如果赔偿款被视为价外费用，即属于销售方向购买方收取的违约金、赔偿金等性质的款项，并且与销售货物或提供劳务等经营活动密切相关，那么就应该按照所销售货物或劳务的适用税率，来开具增值税发票。

合同违约赔偿款

在买卖合同中，如果赔偿款是由于合同违约产生的补偿性款项，且与销售货物或提供劳务等经营活动没有直接关联，通常不需要开具发票。

但是，如果赔偿款与销售货物或提供劳务等经营活动密切相关，则可能需要开具发票。

赔偿货物的开票

如果赔偿涉及新购买货物来补偿给购买方，这种情况下需要给运输公司开具13%货物的发票。

在开具发票时，必须遵守国家税收法律法规，确保发票的真实性和合法性。赔偿方和被赔偿方在签订赔偿协议或合同时应明确赔偿金额和开票要求，以避免后续争议。

请根据您的具体情况选择合适的开票方式，并咨询当地税务局或专业会计师以获得更准确的指导