破产公司在处理发票时应遵循以下步骤和规定：

停止开具新发票

破产程序启动后，企业应停止开具新的发票，除非是为了处理破产相关事务，如资产变卖或债务清偿。

缴销空白发票

破产企业需要将未开具的空白发票按照税务机关的规定进行缴销。

通常需要填写缴销申请表，并提交空白发票及相关资料到税务机关。

处理已开具的发票

对于已开具给客户的有效发票，相关的债权应作为破产企业的资产进行申报。

发票存根联等相关票据资料需要妥善保存，以备税务机关检查。

税务申报

破产企业需要及时向税务机关申报破产情况。

税务机关会根据企业的纳税情况和发票剩余数量进行相应处理，如缴销剩余发票。

发票款项的处理

对于已开具发票但未收回的款项，这部分债权应在破产债权申报中准确列出，由破产管理人依法追讨。

对于公司破产前已接收但尚未入账的发票，破产管理人应核实发票的真实性和合法性后决定是否入账。

与税务机关的沟通

破产管理人应积极与税务机关沟通协调，确保税务合规性，并避免因发票问题引发的税务风险。

在某些特殊情况下，如破产财产处置过程中涉及应税行为，可能需要根据税务机关的指导开具发票。

发票遗失或缺失的处理

若公司破产时发票遗失或缺失，需要尽快清查具体情况，并联系供应商或客户说明情况，必要时通过法律途径解决。

发票开具的特殊情况

如果破产企业在清算过程中仍需履行合同或进行其他应税行为，管理人可以在遵守规定的前提下，以企业名义申领和开具发票。

发票款项的清偿

在破产财产分配时，发票款项通常被视为普通债权，在清偿优先债权后按比例分配。

请根据破产企业的具体情况，遵循当地税务机关的规定和指导意见，妥善处理发票相关事宜。