运输赔偿的开票通常需要遵循以下步骤进行：

确定赔偿金额：

根据赔偿协议或合同，明确赔偿金额。

选择开票类型：

根据赔偿原因，选择增值税普通发票或增值税专用发票。

准备开票信息：

准备赔偿方和被赔偿方的名称、纳税人识别号、地址电话、开户行及账号等信息。

开具发票：

在增值税发票管理系统中进行开票操作，录入上述信息，并选择合适的发票代码、号码和开票日期。

确认发票：

开票后，核对发票信息是否准确无误。

发票打印：

将开出的发票打印出来，并加盖财务章和发票专用章。

发票交付：

将打印好的发票交付给被赔偿方。

登记存档：

将开出的发票进行登记存档，以便后续核对和审计。

在开具赔偿发票时，必须遵守国家税收法律法规，确保发票的真实性和合法性。同时，赔偿方和被赔偿方在签订赔偿协议或合同时应明确赔偿金额和开票要求，以避免后续争议。

需要注意的是，如果赔偿是由于运输过程中商品损坏引起的，且赔偿方是一般纳税人，可能需要开具增值税发票。此外，赔偿不适用《发票管理办法》，因为不存在真实的交易行为，所以不应开具不具有真实交易业务活动的发票。在这种情况下，公司可以与运输方签订赔偿协议，或者通过法院出具调解书，以收据的形式收取赔款，并由当事人签字确认。