在土地增值税清算后，如果房地产项目中有部分房产在清算时未转让，而在之后进行了销售或有偿转让，纳税人需要按照以下步骤缴纳土地增值税：

计算扣除项目金额

单位建筑面积成本费用 = 清算时的扣除项目总金额 ÷ 清算的总建筑面积。

清算时单位建筑面积成本费用（不含与转让房地产有关的税金）= 房地产开发项目总扣除项目金额（不含与转让房地产有关的税金） ÷ 房地产开发项目的总建筑面积。

纳税申报

纳税人应按规定填写《财产和行为税纳税申报表》，并向税务机关报送相关资料，办理房地产项目尾盘销售土地增值税申报。

清算后再转让房地产的纳税人应在每季度终了后15日内进行纳税申报（含零申报）。

缴纳土地增值税

扣除项目金额按清算时的单位建筑面积成本费用乘以销售或转让面积计算。

清算后再转让房地产的有关税金在本次申报缴纳土地增值税时予以扣除。

对于采取预收款方式的，纳税义务发生时间为收到预收款的当天。

清算后再转让的房地产，按照上述方式计算的增值率未超过20%的普通住宅，免征土地增值税；增值率超过20%的，应征收土地增值税。

注意事项

土地增值税的计算方式应与项目的清算方式保持一致。

如果项目是以核定征收方式清算的，再转让房地产时，应按清算时核定的征收率计征税款。

请根据当地税务局的具体规定和流程进行操作，并确保按时完成纳税申报和缴纳相应的税款。