管理施工单位需要采取一系列综合措施，确保工程进度和质量，同时维护良好的合作关系。以下是一些关键步骤和策略：

1. 合同和项目计划

签订合同：明确双方责任、目标和时间表。

项目计划：制定详细的项目计划，包括安全、质量、进度等关键要素。

2. 沟通和协作

定期沟通：与施工单位保持定期沟通，及时解决问题。

现场检查和评估：进行现场检查，对施工单位的工作进行评估和考核。

3. 制度化管理

明确管理职责：包括工程设计、施工、材料采购、安全等部门职责。

制定管理制度：建立材料进场、安全文明施工、验收等管理制度。

4. 激励和惩罚机制

奖励制度：对表现良好的施工单位给予奖励。

惩罚措施：对不符合要求的施工单位采取相应的处罚措施。

5. 监理作用

监理单位管理：建立监理单位准入和考核制度，发挥监理在质量、安全等方面的监督作用。

6. 培训和教育

技能和安全培训：定期对施工人员进行技能和安全教育。

7. 组织结构

明确人员职责：根据工程规模确定人员数量和职责，建立有效的沟通渠道。

8. 激励机制

奖惩制度：根据工作表现进行奖惩，激发施工人员责任心和积极性。

9. 处理问题

原则性与灵活性：在处理问题时，坚持原则同时保持一定的灵活性。

10. 后评估

施工单位后评估：作为下次投标的优惠条件，积累经验，提高合作默契度。

11. 应对“牛”施工单位

沉得住气：不因小问题激化矛盾，抓大放小，以实力服人。

监理能力提升：监理人员需具备专业能力，能提出合理化建议。

问题处理：严禁将小问题扩大化，学会平息事端。

12. 文档记录

文件管理：做好施工过程中的文件记录，为可能的反索赔提供证据。

通过上述措施，可以有效地管理施工单位，确保工程顺利进行，同时维护良好的合作关系。