自动化专业的二级学科选择主要取决于个人的兴趣、职业规划以及未来的发展方向。以下是一些建议的二级学科，这些方向在学术界和工业界都有较高的认可度和应用前景：

控制理论与控制工程

清华大学、 浙江大学、 上海交通大学等高校在该领域具有很高的声誉。该专业主要研究系统的动态行为、稳定性、可控性和最优控制策略，是自动化领域最经典和核心的方向之一。

模式识别与智能系统

清华大学、 中国科学院自动化研究所、 上海交通大学、 西安交通大学等高校在该领域具有很高的研究水平和影响力。该专业主要研究如何使机器和系统能够像人一样智能地识别、理解和决策，应用领域广泛，包括图像处理、机器学习、机器人技术等。

检测技术与自动化装置

清华大学、 浙江大学、 天津大学等高校在该领域有深入的研究和应用。该专业主要研究自动检测、测量和控制技术，广泛应用于工业、医疗、航空航天等领域。

导航、制导与控制

清华大学、 哈尔滨工业大学、 北京航空航天大学等高校在该领域具有显著的优势。该专业主要研究系统的导航、定位和控制系统设计，广泛应用于无人机、导弹、卫星等领域。

系统工程

清华大学、 浙江大学、 华中科技大学等高校在该领域有广泛的研究和应用。该专业主要研究复杂系统的建模、分析和优化，适用于管理、工程和经济等多个领域，培养具有全局观念和系统思维的高级人才。

企业信息化系统与工程

清华大学等高校在该领域有深入的研究和应用。该专业主要研究企业信息系统的规划、设计和实施，适用于企业管理、生产流程优化等领域。

生物信息学

清华大学、 中国科学院自动化研究所等高校在该领域有显著的研究成果。该专业主要研究生物信息的获取、处理和应用，广泛应用于基因测序、蛋白质组学、生物大数据分析等领域。

建议

选择感兴趣的方向：首先，选择自己感兴趣的方向非常重要，因为兴趣是最好的老师，能够支持你持续学习和深入研究。

考虑就业前景：了解各个方向在工业界的应用前景和就业需求，选择一个有较好就业前景的方向，有助于未来顺利找到工作。

关注学科排名：参考教育部和各高校发布的学科排名，选择排名靠前的学科，通常意味着该学科的研究水平和教学质量较高。

咨询专业人士：与在该领域工作的专业人士交流，了解他们的实际工作经验和建议，可以帮助你做出更明智的选择。

综合考虑以上因素，你可以选择最适合自己的自动化二级学科，为未来的职业发展奠定坚实的基础。