菌种保存方法主要包括以下几种：

斜面低温保存法

将菌种接种在斜面培养基上，待其生长完全后，置于冰箱中冷藏保存。

斜面保存法适用于细菌、酵母菌、霉菌和放线菌，一般保存2-4个月，需要定期移栽。

液体石蜡覆盖保藏法

在斜面培养物上覆盖一层无菌液体石蜡，防止水分蒸发和氧气进入，适用于不产孢子的菌种。

保存期限较长，霉菌、酵母菌、放线菌和芽孢细菌可保藏2年以上。

冷冻真空保藏法

使用保护剂保护菌种后，放入低温环境中快速冻结，并抽离空气，使菌种处于休眠状态。

需要时取出，放在温暖环境中恢复活性。

冷冻干燥保藏法

先使微生物在极低温度下快速冷冻，然后在减压下利用升华现象除去水分。

适用于需要长期保存的菌种。

传代培养保藏法

包括斜面培养、穿刺培养等，培养后在冰箱内保存。

操作简单，但易变异，适用于实验室和工厂菌种室。

载体保藏法

将微生物吸附在适当的载体上，如土壤、沙子、硅胶、滤纸上，然后进行干燥的保藏。

寄主保藏法

用于目前尚不能在人工培养基上生长的微生物，如病毒、立克次氏体、螺旋体等。

其他方法

包括食用菌菌种的斜面低温保存母种法、石蜡封口保存母种法、玻璃纸封口保存母种法和菌丝体液体保存法等。

选择合适的保藏方法应根据菌种的特性和保存需求来决定。保存时应注意保持恒定的温度和湿度，定期检查菌种状态，并在必要时进行移种。