根据提供的信息，南通市最好的中学是海安中学，它在每年的高考成绩中表现优异，并且是江苏省的重点中学和四星级普通高中。海安中学以其雄厚的师资力量和高质量的教育水平，在江苏省乃至全国都享有很高的声誉。

海安中学

创办时间：

1939年

荣誉称号：国家级示范性高中、江苏省四星级普通高中

2020年高考成绩：400分以上131人，一本上线人数和率未具体提及

如皋中学

创办时间：

1902年

荣誉称号：江苏省首批重点高中、国家级示范性普通高中

2020年高考成绩：400分以上101人，一本上线率98.74%

海门中学

创办时间：

1912年

荣誉称号：省级重点中学、国家级示范性高中、江苏省四星级普通高中

2020年高考成绩：400分以上133人，一本上线率96.1%

通州高级中学

创办时间：

1923年

荣誉称号：省首批办好的重点中学、国家级示范性高中

2020年高考成绩：400分以上人数和具体细节未提及

启东中学

创办时间未提及

荣誉称号和2020年高考成绩未具体提及

南通中学

创办时间：

1909年

荣誉称号：江苏省首批省属重点中学之一、高品质示范高中

2019年高考成绩：一本上线率93.15%

请注意，上述信息基于2020年和2023年的数据，具体情况可能会有所变化。如果您需要最新的排名信息或其他细节，建议查询当地教育局或相关教育机构发布的最新数据