物流公司主要涉及的税费包括增值税、所得税、城市维护建设税、教育费附加、地方教育附加、印花税等。下面我将根据最新的信息对这些税种的计算方法进行说明：

增值税

一般纳税人：提供运输服务适用的税率为9%，物流辅助服务（如仓储、配送、装卸搬运等）适用的税率为6%。

小规模纳税人：通常按季度申报，季度销售额不超过30万元免征增值税，超过则需按规定缴纳增值税，征收率为3%。

销项税额：计算公式为 `销项税额 = 价税合计金额 / （1 + 税率） * 税率`。

进项税额：可以抵扣的进项税额计算公式为 `进项税额 = 价税合计金额 / （1 + 扣除率） * 扣除率`。

所得税

查账征收：计算公式为 `应纳税所得额 = 收入总额 - 不征税收入 - 免税收入 - 各项扣除金额 - 允许弥补的以前年度亏损`。

核定征收：采用应税所得率方式核定征收企业所得税，计算公式为 `应纳税额 = 应纳税所得额 * 适用税率`。

城市维护建设税、教育费附加和地方教育附加

城市维护建设税：以实际缴纳的增值税为计税依据，税率根据物流公司所在地不同有所区别，市区为7%，县城、镇为5%，不在市区、县城或镇的为1%。

教育费附加：以实际缴纳的增值税为计费依据，征收率为3%。

地方教育附加：同样以实际缴纳的增值税为计费依据，征收率为2%。

印花税