工程单位跨市缴税主要涉及以下几个方面：

增值税预缴

一般纳税人跨市提供建筑服务，可以选择一般计税方法或简易计税方法。

一般计税方法下，预缴税率为2%，计算公式为：应预缴税款 = （全部价款和价外费用 - 支付的分包款） ÷ （1 + 9%） × 2%。

简易计税方法下，预缴税率为3%，计算公式为：应预缴税款 = （全部价款和价外费用 - 支付的分包款） ÷ （1 + 3%） × 3%。

小规模纳税人预缴税率为3%，计算公式为：应预缴税款 = （全部价款和价外费用 - 支付的分包款） ÷ （1 + 3%） × 3%。

企业所得税预缴

建筑企业所属二级或二级以下分支机构直接管理的项目部不就地预缴企业所得税。

总机构应按项目实际经营收入的0.2%按月或按季由总机构向项目所在地预分企业所得税。

个人所得税代扣代缴

工程作业人员的工资薪金所得，由所在单位依法代扣代缴个人所得税。

异地施工单位应向工程作业所在地税务机关办理全员全额扣缴明细申报。

税务登记和报验

分包方需在工程所在地税务机关进行税务登记。

纳税人到外县（市）临时从事生产、经营活动，应持税务登记证副本和外出经营活动税收管理证明，向营业地税务机关报验登记。

纳税申报

纳税人向其机构所在地的主管税务机关进行纳税申报，并根据规定提交相关资料。

请根据最新的税法规定和当地税务机关的具体要求，进行税务规划和申报。如果有任何疑问，建议咨询当地税务局或专业税务顾问以获得最准确的指导