1、所得税以外的税，在注册地单独申报；
2、企业所得税：总公司汇总后分配分公司，然后总分公司都在所在地缴纳。适用于《跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理办法》（国家税务总局公告2012年第57号印发，以下简称57号公告）的总分公司，属于汇总纳税企业，应当适用「统一计算、分级管理、就地预缴、汇总清算、财政调库」的企业所得税征收管理本法。总机构应按照上年度分支机构的营业收入、职工薪酬和资产总额三个因素计算各分支机构分摊所得税款的比例；三级及以下分支机构，其营业收入、职工薪酬和资产总额统一计入二级分支机构；三因素的权重依次为0.35、0.35、0.30。
计算公式如下：某分支机构分摊比例=(该分支机构营业收入/各分支机构营业收入之和)×0.35+(该分支机构职工薪酬/各分支机构职工薪酬之和)×0.35+(该分支机构资产总额/各分支机构资产总额之和)×0.30。总公司汇总分配给分公司，然后分公司再自己申报分配的报表。
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本文概览：1、所得税以外的税，在注册地单独申报；2、企业所得税：总公司汇总后分配分公司，然后总分公司都在所在地缴纳。适用于《跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理办法》（国家税务总局公告2012年第57号印发，以下简称57号公告）的总分公司，属于汇总纳