会计在抵扣增值税时，主要使用以下几种发票：

增值税专用发票

税率：通常有13%和9%两种税率。

抵扣方法：抵扣税额=含税价格÷（1+税率）×税率。需要勾选认证。

海关进口增值税专用缴款书

税率：一般为13%。

抵扣方法：用于企业进口货物时，凭海关开具的凭证抵扣。

铁路货运票

税率：7%。

抵扣方法：用于企业购买原材料、办公用品、支付服务费用等取得的增值税专用发票。

运输发票（其中的运费）

税率：7%（国际货运代理及其他均不可）。

抵扣方法：用于企业购买运输服务时取得的发票。

农副产品收购发票

税率：

13%。

抵扣方法：用于一般纳税人购进农产品时取得的发票，按照发票上注明的买价和规定的扣除率计算进项税额进行抵扣。

机动车统一销售发票

税率：车辆购置税额。

抵扣方法：用于购买车辆时开具的发票，其注明的车辆购置税额可用于抵扣。

农产品收购发票和销售发票

税率：一般为13%。

抵扣方法：用于一般纳税人购进农产品时取得的发票，按照发票上注明的买价和规定的扣除率计算进项税额进行抵扣。

通行费发票（纸质发票和增值税电子普通发票）

税率：包括5%、10%、12%、20%等。

抵扣方法：用于支付通行费时取得的发票，按照发票上注明的税额进行抵扣。

旅客运输的普通发票

税率：包括9%、11%、13%等。

抵扣方法：用于企业支付差旅费时取得的普通发票，按照发票上注明的税额进行抵扣。

收费公路通行费增值税电子普通发票

税率：包括5%、10%、12%、20%等。

抵扣方法：用于支付通行费时取得的增值税电子普通发票，按照发票上注明的税额进行抵扣。

注明旅客身份信息的航空运输电子客运行程单、铁路车票和公路、水路等其他客票

税率：包括9%、11%、13%等。

抵扣方法：用于企业支付差旅费时取得的电子客票，按照发票上注明的税额进行抵扣。

支付桥、闸通行取得的通行费发票

税率：包括5%、10%、12%、20%等。

抵扣方法：用于支付通行费时取得的发票，按照发票上注明的税额进行抵扣。

代扣代缴税款的完税凭证

税率：包括13%、9%等。

抵扣方法：用于从境外单位或个人购进劳务、服务、无形资产或境内不动产时，取得的完税凭证上注明的增值税额可用于抵扣。

诉讼费发票

税率：通常不适用。

抵扣方法：某些情况下，诉讼费发票也可能被接受作为抵扣税款的凭证，但需符合税务局的规定要求。

建议：

会计人员在进行增值税抵扣时，务必确保发票符合相关税收政策规定，并进行必要的勾选认证。

对于不同类型的发票，要严格按照规定的税率和抵扣方法进行计算和抵扣，以确保合规性和准确性。