药店超市的会计做账流程可以总结如下：

商品购进时

采用售价金额入库，采购人员根据购货发票填制商品验收单（入库单），商品验收单需有相关负责人签字，进货单金额应与微机录入单金额一致。

出纳根据手续完备的原始单据付款并填制记账凭证。

会计分录为：

借：库存商品（验收单售价合计）

贷：库存现金/银行存款/应付账款等（实际支出采购成本）

贷：商品进销差价（验收单进销差价合计）

商品销售时

每日核算，根据每日电脑提供的销售统计表及收银员收款统计表同收银员实际交款单核入账，确认收入。

会计分录为：

借：银行存款/库存现金/其他应收账款等

贷：主营业务收入（按电脑提供的销售统计表）

如出现收款额与交款单有差额，先计入“待处理财产损益”，最终责任确定后再入账。

月末处理

利用售价计算主营业务成本，通过不同商品进销差价率预估主营业务成本。

根据原始凭证编制记账凭证，确保借贷平衡。

登记各种明细分类账，如商品进销存账、费用账等。

编制科目汇总表，汇总当月所有记账凭证。

根据科目汇总表登记总账。

核对总账与明细账是否相符，确保账证相符、账账相符、账实相符。

编制会计报表，包括利润表（损益表）、资产负债表等，并进行分析说明。

纳税申报

如果是增值税一般纳税人，需要进行网上国税申报和地税申报。

报税完成后，将留底的报表进行存档。

其他注意事项

一般纳税人需进行网上国税申报和地税申报，具体申报方式可能因地方而异。

凭证包括外来原始凭证和自制原始凭证，如收料单、领料单、工资结算单、收款收据、销货发票、成本计算单等。

记账凭证需根据审核无误的原始凭证编制，并确保借贷平衡。

期末对损益类科目进行相应的结转。

通过以上步骤，药店超市可以完成日常的会计做账工作，确保账务处理的准确性和及时性。建议定期进行内部审计和财务分析，以便及时发现和纠正问题，保证财务健康运行。