会计核对往来款的方法如下：

自查账面

确保账面入账与实际发生一致，审查往来账余额的大小及方向，检查是否有异常余额和方向。

逐笔审查明细账，检查借贷方有无异常发生额和摘要，审查期初至期末业务的记账凭证及原始凭证，并记录相关信息以备对账使用。

双方账目明细一致

查看双方账目发生明细是否一致，包括销售、采购、借款、还款等交易明细，确认账目的准确性。

余额核对

与对方单位进行余额核对，确认双方业务记录无误。如果双方余额一致，则表明业务记录正确。

如果余额不一致，计算差额并分析原因，查看是否有与差额相同金额的业务发生，判断是否存在未达账项，是否需要编制“余额调节表”进行调节。

发生额核对

如果余额不一致的原因无法通过差额分析确定，进行发生额核对，分析双方业务发生额，核对借方或贷方发生额是否一致。

账实核对 （如果适用）：

制定详细的盘点计划，实施盘点，全面、准确地盘点实物资产，并记录结果，核对账面记录，发现差异及时记录并查明原因。

特殊事项处理

对方公司账务资料齐全时，及时对账并出具对账单。对方公司账务不清或资料缺失时，以本单位账务资料为基础进行核对，并洽谈债权调整问题。

使用自定义查询工具

使用《会计科目+往来的自定义查询总账余额表》等工具，查看分往来科目的各往来单位期初余额、借方发生额、贷方发生额和期末余额情况，便于核对和追责。

通过以上步骤，会计可以系统地核对往来款项，确保账目的准确性和完整性，及时发现并处理差异，保障会计信息的可靠性。