药房会计在确认收入时，应遵循以下原则和方法：

收入实现原则：

收入应在实现或可实现、并且已经赚取时予以确认。具体来说，当企业将商品或劳务用于交换现金，或用于交换可随时转化为现金或现金要求权的资产时，收入即已实现；当企业实质上已经完成为获取收入所必须付出的努力，并且预计不再会发生大量售后成本时，收入即已赚取。

权责发生制与配比原则：

收入和费用的确认应遵守权责发生制与配比原则。收入的确认应在发出商品、提供劳务的同时收讫价款或取得索取价款的凭据时进行。

收到款项时确认：

一般情况下，收入应在收到款项时予以确认。对于采用权责发生制的经营收入，可以在提供劳务或发出商品，同时收讫价款或者取得索取价款的凭据时予以确认。

按合同约定的费率或期间结算：

收入确认方法可以按人员工时与合同约定的全时当量劳务费率按月或季结算并确认收入；也可以按合同约定费率、约定期间统计工时，计量收入金额。

价税分开：

在确认无票收入时，需要将价款和增值税分开处理。

跨期长期项目的收入确认：

对于跨期的长期工程或劳务合同，一般应根据完成进度法或完成合同法确认收入。

综上所述，药房会计在确认收入时，应确保收入实现原则、权责发生制与配比原则得到遵守，并在收到款项或取得索取价款的凭据时进行收入确认。对于长期项目，则应根据完成进度合理确认收入。同时，还需注意价税分离的处理。