增值税发票作废的具体操作流程如下：

1、作废增值税专用发票最重要的是在开票系统里作废，在发票填开窗口里有个发票作废一栏，单点需要作废的发票，将其点成深色，再点击下面的作废按钮，这张发票就在税务系统里作废了，这才叫真正的作废，就可以不用上税了。然后再对纸质发票作废，这就是次要的了，如果单位有作废章，盖作废章看起来正规点，如果单位没有作废章，就直接用笔写在发票上（发票自带复写，每一张都作废了），然后将作废的三联发票保管好，留单位备查就行了；

2、作废发票必须是当月的发票，如果跨月的发票，是不可能作废的（金税系统里是不认可的），只能采取开红字的方式冲掉该发票（开红冲发票有专门的手续）。

增值税的基本税率：

1、税率17%：销售或者进口货物（另有列举的货物除外）；提供加工、修理修配劳务；

2、税率13%：粮食、食用植物油、鲜奶 自来水、暖气、冷气、热气、煤气、石油液化气、天然气、沼气，居民用煤炭制品；图书、报纸、杂志；饲料、化肥、农药、农机（整机）、农膜；国务院规定的其他货物；农产品（指各种动、植物初级产品）；音像制品；电子出版物；二甲醚；

3、税率0%：出口货物；

4、税率11%：交通运输、陆路（含铁路）运输、水路运输、航空运输和管道运输服务；邮政普遍服务、邮政特殊服务、其他邮政服务；

5、税率6%：现代服务业，研发和技术服务，信息技术服务，文化创意服务，物流辅助服务 鉴证咨询服务，广播影视服务。

综上所述，增值税专用发票是由国家税务总局监制设计印制的，只限于增值税一般纳税人领购使用的，既作为纳税人反映经济活动中的重要会计凭证又是兼记销货方纳税义务和购货方进项税额的合法证明；是增值税计算和管理中重要的决定性的合法的专用发票。

【法律依据】：

《关于修订增值税专用发票使用规定的通知》 第十三条

一般纳税人在开具专用发票当月，发生销货退回、开票有误等情形，收到退回的发票联、抵扣联符合作废条件的，按作废处理；开具时发现有误的，可即时作废。

作废专用发票须在防伪税控系统中将相应的数据电文按“作废”处理，在纸质专用发票（含未打印的专用发票）各联次上注明“作废”字样，全联次留存。

第十四条

一般纳税人取得专用发票后，发生销货退回、开票有误等情形但不符合作废条件的，或者因销货部分退回及发生销售折让的，购买方应向主管税务机关填报《开具红字增值税专用发票申请单》（以下简称《申请单》，附件3）。

《申请单》所对应的蓝字专用发票应经税务机关认证。

经认证结果为“认证相符”并且已经抵扣增值税进项税额的，一般纳税人在填报《申请单》时不填写相对应的蓝字专用发票信息。

经认证结果为“纳税人识别号认证不符”、“专用发票代码、号码认证不符”的，一般纳税人在填报《申请单》时应填写相对应的蓝字专用发票信息。