会计在跑工商部门时，主要负责以下工作：

企业注册

协助企业完成注册手续，包括准备必要的文件、填写申请表格、提交营业执照申请等。

变更登记

根据企业变更情况，如地址变更、经营范围变更、注册资本变动等，向工商部门提交相应的变更申请，并办理变更登记手续。

年检年报

准备并提交企业的年度报告，包括财务报表、税务申报表等，确保信息的真实性和准确性。

税务处理

处理与税务相关的问题，如纳税申报、税款缴纳、税务筹划等。这些工作与工商管理也有一定的关联，因为税务信息也是工商部门监管企业的重要依据之一。

合同审查

参与企业合同的审查工作，特别是涉及到财务条款的部分，以避免因合同条款不明确或违反法律规定而导致的法律风险。

合规性检查

定期对企业内部的财务流程和管理制度进行合规性检查，确保企业遵守相关的财务法规和工商管理条例，避免违规行为的发生。

协助调查

在某些情况下，工商部门可能会对企业进行调查，如涉嫌不正当竞争、虚假宣传等问题，会计可能需要协助提供相关财务信息和文件。

其他工商行政审批事项

包括营业执照、经营许可证、变更登记等。

税务相关咨询

提供增值税、消费税、企业所得税等税务知识咨询。

财务审计

对企业财务状况进行检查，确保财务情况的稳定发展。

其他有关工商税务的服务

包括企业管理、企业法律咨询等。

这些工作内容要求会计具备一定的财务知识和法律知识，以确保企业在工商和税务方面的合规性和顺利进行。建议会计在跑工商部门时，要充分了解相关法律法规，准备好所有必要的文件，并与相关部门保持良好的沟通，以确保各项业务的顺利完成。