运输公司的预算编制可以按照以下步骤进行：

确定预算科目和方法

选择合适的预算编制方法，如零基预算或滚动预算。

如果有可能，使用上一年度的预算科目和方法，以保持可比性。

分解预算指标

与生产、销售、人事等部门合作，收集必要的数据，如销售计划、生产供应计划、用工计划等。

编制初步预算表或预算草案

准备三个会计报表，并编写预算编制说明。

结合本年结算情况分析，提出预算的重点和难点，以及解决建议。

征求意见和修改

将预算草案发至主要管理部门，征集意见并根据反馈进行修改。

审核和修正

报总经理办公会审核，并根据意见修正目标和预算草案。

编写正式预算

根据审核结果，编写出正式的预算文件。

下达正式预算和执行要求

下达正式预算，并提出预算执行的要求和管理办法。

预算修订

定期（如半年）对预算进行修订，以适应实际情况的变化。

预算编制过程中应考虑的因素包括：

费率计算：明确每个TEU的全程运费，包括海运费和其他费用。

运输量统计：统计历史运输数据，并预测未来的运输量。

成本效益分析：对物流成本支出进行预算，包括运输、仓储、包装、配送、装卸和流通加工成本。

预算目标：自上而下地确定物流预算目标，并自下而上地体现这些目标的具体落实。

资料收集：整理相关的财务和业务资料，为预算编制提供支持。

执行成果分析：分析上期预算的执行成果，以确定控制限额。

内部资金管理：实行资金预算管理，协调各部门的经济发展能力，增强企业竞争力。

请根据这些步骤和考虑因素，结合您公司的具体情况，制定出适合您公司的预算编制计划