补缴增值税的会计凭证编制和登记步骤如下：

确定应交税金科目

根据补缴增值税的金额，确定需要增加的应交税金科目。应交税金科目一般为负债类科目，可以根据实际情况选择适当的科目，例如“应交增值税”或“未交增值税”等。

编制会计凭证

会计凭证一般包括借方和贷方两个方向。

借方金额为应交税金科目的金额，贷方金额为补缴增值税的金额。

在借方栏中，填写应交税金科目的科目代码和金额；在贷方栏中，填写补缴增值税的金额。

填写会计凭证的摘要栏

在会计凭证的摘要栏中，简要说明补缴增值税的原因和金额，以便于后续的审计和核对。

填写会计凭证的日期和凭证号码

根据公司的会计制度，填写会计凭证的日期和凭证号码，以确保凭证的完整性和可追溯性。

审批和录入会计系统

将编制好的会计凭证送审，并经过负责人或会计主管的审批。

审批通过后，将会计凭证录入到会计系统中，进行相应的账务处理。

生成会计科目的借贷方明细账

在会计系统中，根据会计凭证的内容，自动生成相应的会计科目的借贷方明细账，并及时进行核对和调整。

定期进行会计核算和报表编制

将补缴增值税的相关信息纳入财务报表中，确保财务报表的准确性和合规性。

具体场景下的注意事项

自查补缴增值税：

在会计科目中找到应交增值税科目，对应的会计科目应为“应交增值税”（借方）和“银行存款”（贷方）。

在凭证上填写补缴增值税的金额，填写在“应交增值税”借方的栏目中，并在“银行存款”贷方的栏目中填写补缴增值税的金额。最后，对凭证进行审核、记账和归档。

补交上一年度增值税：

在记账凭证中，增加一张“补交增值税凭证”，记载补交的增值税金额和相关信息。

在借方列账户为“应交税费”（或类似科目），表示应交增值税的金额。

在贷方列账户为“银行存款”（或类似科目），表示支付补交增值税的金额。

根据实际情况，可能还需要在其他科目中进行相应的借贷方记账。补交增值税的会计凭证应当与原始的增值税凭证相对应，并在凭证号码上进行标注，以便于审计和核对。此外，补交增值税的会计凭证应当及时处理，并在会计账簿中进行记录，以确保账务的准确性和完整性。

出口企业补缴增值税：

在借方填写“应交税费——应交增值税（进项税额转出）”科目，金额为应补缴的增值税额。

在贷方填写“银行存款”科目，金额也为应补缴的增值税额。

在编制记账凭证时，应在摘要栏注明“补缴出口增值税”字样，以便于会计核算和财务报告的编制。

通过以上步骤和注意事项，可以确保补缴增值税的会计凭证编制和登记工作准确、合规，并符合相关法规和公司会计制度的要求。