根据最新的规定，运输业通行费的抵扣方式如下：
通行费电子普通发票抵扣
纳税人支付的道路、桥、闸通行费，可以凭借收费公路通行费增值税电子普通发票上注明的增值税额进行进项税额的抵扣。
纸质通行费发票抵扣
对于桥、闸通行费，纳税人可以凭借通行费发票上注明的收费金额，按照一定公式计算可抵扣的进项税额。
具体计算公式为：桥、闸通行费可抵扣进项税额 = 桥、闸通行费发票上注明的金额 ÷ （1 + 5%） × 5%。
特定条件下的通行费抵扣
对于高速公路通行费，如果纳税人未能取得收费公路通行费增值税电子普通发票，在2018年1月1日至2019年12月31日期间，可以根据一定公式计算可抵扣的进项税额。
对于一级、二级公路通行费，在2018年1月1日至2019年12月31日期间，同样可以根据一定公式计算可抵扣的进项税额。
增值税纳税申报
纳税人需要对通行费电子发票进行勾选确认后，在增值税纳税申报中进行抵扣。
企业所得税抵扣
在企业所得税汇算清缴时，纳税人可以将已经购买过路费的金额作为成本进行扣除，享受所得税减免优惠。
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本文概览：根据最新的规定，运输业通行费的抵扣方式如下：纳税人支付的道路、桥、闸通行费，可以凭借收费公路通行费增值税电子普通发票上注明的增值税额进行进项税额的抵扣。对于桥、闸通行费，纳税人可以凭借通行费发票上注明的收费金额，按照一定公式计算可抵扣的进项