以下是目前国内物理学领域最好的几所大学及其物理系的情况：

北京大学 ：

成立时间 ：1913年设立物理学门，1919年更名为物理系。

特点 ：国内最先成立的物理系，拥有强大的师资力量，包括19位中国科学院院士。

学科评估 ：物理学为国家一级重点学科，多次在教育部第四轮学科评估中获评A。

清华大学 ：

成立时间 ：1926年。

特点 ：发展迅速，拥有优越的科研条件，设有多个研究所和实验室，如低维量子物理国家重点实验室、清天体物理中心等。

学科评估 ：物理学和天文学均为国家一级重点学科。

中国科学技术大学 ：

成立时间 ：1958年。

特点 ：以物理学为特色学科，拥有多个国家级重点实验室和研究中心。

学科评估 ：物理学为国家一级重点学科，2019年在泰晤士世界大学专业物理科学排名中位列第51名。

南京大学 ：

成立时间 ：1920年。

特点 ：国内最早开设物理系的大学之一，拥有多位中国科学院院士。

学科评估 ：物理学为国家一级重点学科。

复旦大学 ：

成立时间 ：1952年。

特点 ：师资力量雄厚，拥有多个国家重点实验室和研究中心。

学科评估 ：物理学为国家一级重点学科，多次在教育部第四轮学科评估中获评A。

建议

选择物理系最好的大学时，可以考虑以下因素：

学术声誉和历史 ：如北京大学和清华大学的物理系历史悠久，学术声誉卓著。

科研条件和研究方向 ：如清华大学和中国科学技术大学在科研条件和研究方向上非常先进。

师资力量 ：如北京大学和复旦大学的物理系拥有强大的师资力量和众多院士。

学科评估结果 ：如教育部第四轮学科评估结果可以作为重要参考。

根据以上信息，北京大学、清华大学和中国科学技术大学在物理学领域均处于领先地位，具体选择哪一所大学还需根据个人兴趣和职业规划来决定。