本科被认定为二本大学的原因主要涉及以下几个方面：

填报批次：

一本和二本的主要区分在于填报批次。第一批次填报的大学被称为一本大学，而第二批次填报的大学被称为二本大学。这种分类方式主要是为了方便学生和家长在高考填报志愿时进行区分，并划定相应的分数线，一本的分数通常较高。

整体实力：

一本大学大多数是重点大学，整体实力较强，包括办学水平、师资情况和学科实力等方面。二本大学虽然在整体实力上不如一本大学，但也有一些顶尖的二本大学具备接近一本的实力。

专业设置与学科发展：

高校的专业设置和学科发展也会影响其招生批次。一些高校的热门专业因考生报考人数众多，竞争激烈，往往被划入一本招生范畴。而那些专业生源相对较少或建设时间较短的，可能就会被归入二本。

招生政策：

政策支持也是一个重要因素。一些二本专业的院校，如果能够展现出一定的特色和优势，结合政策倾斜，也有机会逐步升级为一本。

学校实力与资源：

学校的整体实力和资源也会影响其招生批次。一些高校通过合并、扩招或专业调整等方式，提升自身实力，从而有可能从二本升级为一本。

地理位置与分校区：

学校的地理位置和分校区质量也会影响其招生批次。一些高校的分校区可能因为地理位置的优势，吸引更多优秀的学生和教师，从而提高其招生批次。

综上所述，本科被认定为二本大学主要是基于填报批次、整体实力、专业设置与学科发展、招生政策、学校实力与资源以及地理位置与分校区等多方面的因素。