1、定义不同。在职研究生：以在职人员的身份，部分时间在职工作，部分时间在校学习的研究生学历教育的一种类型。属于国民教育系列。经过学校录取的正式研究生，获得与全日制相同的研究生毕业的学历和学位。报考条件不同。

MBA：是工商管理类硕士研究生学位，是我国学位种类之一。

2、学习模式不同。在职研究生学习模式比较特殊，是先学习再考试，因此难度一般，通过率较高。而且上课时间会安排在晚上或周末，也就是工作之余集中时间学习。

在职MBA指的是在职的学习方法，并不涉及到学籍、学历和编制问题。当参加统一联考被录取后可以选择全日制上课的方式和非全日制上课的方式，学制分别为2年和2.5年，个别学校全日制是3年制。

单从上课的方式讲，在职研究生和在职的MBA相同，都是周末上课的方式。但学籍和学历是不同的，毕业后获得。

3、学籍学历不同。这种一般意义上的在职硕士毕业后会获得学位证，但是没有学历证，毕业后与应届生待遇不同，学籍和学历都不是普通全日制。相反，工商管理硕士中的在职MBA与之有所区别，它是全日制学籍编制，入学及毕业后学籍在教育部学信网上能搜索到，而且都是普通全日制。

单从上课的方式讲，在职研究生和在职的MBA相同，都是周末上课的方式。但学籍和学历是不同的，毕业后获得。

4、学习年限不同。在职研究生：专科毕业2年及以上可报考，本科、硕士、博士学位应届、往届毕业生都可以报考。MBA：专科毕业5年及以上，本科毕业3年及以上，硕士、博士需毕业2年及以上。

5、针对人群不同。在职研究生主要针对的在在职人员，已经在社会中工作或者是走出校园即将展开工作的社会人士;而MBA对于报考人员并没有严格限制，既可以是在校生又可以是在职工作人员。

参考资料来源：百度百科-在职研究生

百度百科-工商管理硕士