生物工程包含的类别如下：

遗传工程（基因工程）：

通过基因操作，改变生物的遗传物质，使其获得新的性状或功能。

细胞工程：

利用细胞培养、融合、遗传操作等技术，对细胞进行遗传改良或生产有用的生物产品。

微生物工程（发酵工程）：

利用微生物的代谢活动，通过工程手段生产有用的产品，如药物、酶等。

酶工程（生化工程）：

研究和应用酶的性质和功能，进行酶的大规模生产及其在工业、医药等领域的应用。

生物反应器工程：

设计和优化生物反应器，以提高生物工程过程的效率和产量。

此外，生物工程还可以包括以下分支领域：

医学工程学：

应用工程原理和技术于医学领域，如医疗器械的设计和制造、医疗信息系统的开发等。

修补工程学：

研究和开发用于修复或替换生物组织、器官的技术和方法。

人类工程学：

研究人类生理、心理和行为特征，设计符合人类需求的产品和环境。

仿生学：

模仿生物的结构和功能，开发新的工程技术和产品。

在专业设置方面，生物工程通常包括以下专业小类：

生物工程：

研究现代生物工程技术及其产业化的原理、工艺过程和工程设计等。

生物制药：

侧重于生物药物的研发、生产和质量控制。

合成生物学：

通过合成生物技术，设计和构建新的生物系统、生物部件和生物机器。

这些类别和分支领域展示了生物工程的广泛性和多样性，涵盖了从基础研究到应用开发的多个层面。