西南交通大学最好的专业包括以下几项：

交通运输工程：

该专业是西南交大的王牌专业，在全国的专业排名中位居第一，并且是唯一的A+学科。交通运输工程依托全国排名第一的交通运输工程国家重点一级学科，连续十二年全国排名第一，就业前景非常广阔。

土木工程：

土木工程专业是国家级一流本科专业建设点和国家级特色专业，于1997年、2002年、2007年通过了国家教育部和住建部组织的全国高等学校土木工程专业教育合格评估。在全国第4轮学科评估结果中，土木工程学科获评A-，就业前景广阔。

电气工程及其自动化：

该专业是国家级一流本科专业建设点、国家级特色专业和国家重点专业，由电气工程学院开设。2007年获评首批“国家级特色专业”，2010年入选首批国家“卓越工程师培养计划”，2012年入选首批“国家级专业综合改革试点——国家重点专业”，2019年入选国家级一流本科专业建设点。

交通工程：

交通工程专业是国家级一流本科专业建设点、国家级特色专业和四川省品牌专业，是国内最早创立交通工程专业的三所大学之一。该专业依托全国排名第一的交通运输工程国家重点一级学科，就业前景很好。

综上所述，交通运输工程、土木工程、电气工程及其自动化和交通工程是西南交通大学最好的专业，这些专业在全国乃至国际上都具有很高的声誉和影响力。建议对这几个专业感兴趣的学生可以优先考虑报考。