对于临床执业医师的注册，应根据其从业单位性质去向相应的卫生计生行政部门申请注册。医生执业地点增加或更换执业机构时，也需向相应部门申请增加或修改注册信息。同时，执业医师需注意，取得证书之后，最晚要在两年内完成注册。不同地区的卫生局所规定的统一注册时间也都不同。国家自2016年起开始实行电子注册，多数地区已经开始了，一般在成绩公布后就可进行注册，国家要求在12月31日之前完成注册。
在注册申请中有些情况是不能够办理的，例如未具备完全民事行为能力、受刑事处罚等情况。此外，临床执业医师的资格证书有效期一般为6年，需在规定时间内完成注册程序。
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