货运代理公司做账的基本步骤如下：

收集和审核单据

收集客户的物品，审核运输清单和物品收发单，记录发货信息。

记录并审核物流代理公司的费用支出单，包括运费、手续费、服务费等。

收支记录

记录所有收入和支出，如运输费用、保险费用、关税和税费等。

将收入和支出分类到不同的账户中，如货物运输账户、保险账户、税费账户等。

账务处理

货物运输收入和费用应分开记入账簿，或在收支平衡类科目上进行汇总记账。

开具货物运输代理费的企业借：应收账款等贷：主营业务收入应交税费——应交增值税（销项税额）等。

财务报表编制

编制财务报表，包括资产负债表、损益表和现金流量表等。

税务申报

根据税法规定，及时申报税款，并缴纳税款。

审计

定期聘请会计师事务所进行审计，确保财务报表的准确性和合规性。

信用管理

核实企业客户的信用，根据客户的资质等级，对客户的信用额度进行审批。

资金管理

进行资金预算、核算、监督和管理，确保客户的资金来源安全可靠，避免风险。

收支明细管理

管理客户货物的收支明细，每天记录客户支付的费用，进行分类核算、写明收支，以及结余金额。

会计分录

处理与货物运输收入合在一起的账务时，在收支平衡类科目上进行汇总记账。

对于代收代付业务，进行相应的会计分录处理，如开票交税、补提税费等。

请根据公司的具体情况和当地税务规定，进行详细的账务处理。