合肥工业大学设有多个学院，涵盖了本科、硕士、博士三个层次的教育体系，专业设置如下：

工程学院

机械设计制造及其自动化

车辆工程

材料成型及控制工程

电气工程及其自动化

工业工程

飞行器制造工程

过程装备与控制工程

智能制造工程

机械工程

信息工程学院

计算机科学与技术

电子信息科学与技术

通信工程

测控技术与仪器

光信息科学与技术

光电信息科学与工程

机器人工程

微电子科学与工程

建筑与规划学院

建筑学

土木工程

城市规划

经济管理学院

管理科学与工程

工商管理

公共管理

会计学

人文社科学院

法学

社会学

外国语言文学

新闻传播学

理学院

数学与应用数学

物理学

化学工程与工艺

应用化学

材料科学与工程

材料物理

环境科学与工程

化学

生物学

其他学院

资源勘查工程

制药工程

食品科学与工程

新能源材料与器件

物联网工程

粉体材料科学与工程

无机非金属材料工程

能源化学工程

软件工程

信息与通信工程

水利工程

这些专业中，机械设计制造及其自动化、车辆工程、材料成型及控制工程、电气工程及其自动化、资源勘查工程、测控技术与仪器、信息管理与信息系统等专业在全国享有较高声誉，并且多个专业入选了国家级和省级特色专业。

建议学生在选择专业时，可以根据自己的兴趣和职业规划，结合各个专业的学科优势和就业前景，做出明智的选择。同时，由于专业设置可能会发生变化，建议学生在正式填报志愿前，及时查阅学校最新公布的专业信息。