留学日本读研三年的费用大致如下：

学费

国公立大学：平均每年学费约为53.58万日元（约合人民币3万元），部分专业可能更高。第一年的入学金及学费约为82万至103万日元（约4-5万元人民币），第二至第四年每年学费约为54万日元（约3万元人民币）。

私立大学：平均每年学费约为80-100万日元（约合人民币4.5-5.7万元），但部分知名私立大学可能更高。例如，早稻田大学每年学费约为100万日元（约合人民币5.7万元）。

生活费

东京和大阪等大城市：每月生活开销在12万至15万日元之间（约合人民币6000到7500元），三年总计约36万至54万日元（约合人民币18万至27万元）。

其他城市：每月生活开销在8万至10万日元之间（约合人民币4000到5000元），三年总计约24万至30万日元（约合人民币12万至15万元）。

其他费用

住宿费：学校宿舍约1.2万元人民币/年，校外租房约3000人民币/月，三年约11万元人民币。

饮食费：自己做饭约1.3万-1.9万元人民币/年，经常外出就餐或食堂约3.6万元人民币/年。

交通费：约5000人民币/年。

医疗保险费：每年约900人民币。

综合以上费用，留学日本读研三年的总费用大致在 130万至400万日元之间，折合人民币约为 65万元至200万元。具体费用还需根据所选学校、专业、个人生活方式等因素进行详细计算。

建议：

选择学校和专业：不同学校和专业的学费差异较大，建议提前了解并选择性价比高的学校和专业。

规划生活费：大城市的物价和生活成本较高，建议根据个人经济情况合理规划生活费。

考虑奖学金：部分学校和专业提供奖学金，可以减轻经济负担。

准备其他费用：除了学费和生活费，还需准备住宿、饮食、交通等其他费用，确保留学期间无后顾之忧。