德国大学排名不高的原因可以从多个角度进行分析：

排名标准与德国大学的特点不匹配

全球大学排名通常基于教育和教师的质量、就业能力和研究绩效等因素，而德国大学的研究绩效往往被分散在不同的研究机构中，如马克斯普朗克研究所等，这使得德国大学在整体排名中难以突出。

科研投入与成果的国际认可度

德国大学的科研投入相对较少，且许多重要科研成果是独立于大学发表的，这些成果在排名中不会被计入，从而影响了排名结果。

教育资源分配的平均主义

德国大学的教育资源分配较为平均，没有像其他国家的一些顶尖大学那样集中资源，这使得德国大学在整体排名中难以占据优势。

国际化程度较低

德国大学的国际化程度相对较低，这在一定程度上影响了其在国际排名中的表现，尤其是在吸引国际学生和教师方面。

教学与研究的平衡

德国大学往往更注重教学与研究的平衡，而不是单纯追求研究产出，这可能影响它们在以研究为主导的排名中的表现。

专业设置与排名评价标准的差异

德国大学的专业设置更注重实践性和应用性，而非理论性，这与一些排名评价标准可能存在不匹配，从而影响了排名结果。

独立研究机构的影响

德国拥有许多独立的研究机构，如亥姆霍兹研究所、马克斯普朗克学会和弗劳恩霍夫研究所，这些机构与大学关系密切，但其科研成果并不被计入大学的排名中，从而削弱了德国大学的国际竞争力。

企业博士的影响

德国工业界与学术界的紧密联系体现在企业博士的培养上，这在一定程度上影响了高校科研的独立性和纯粹性，进而影响排名。

语言问题

由于大多数德国大学的主要教学语言是德语，这限制了国际学生和教职员工的流动性，从而影响大学的国际化水平，这是许多排名体系中的一个重要考量因素。

综上所述，德国大学排名不高的原因主要在于排名标准与德国大学特点的匹配度不高、科研投入与成果的国际认可度不足、教育资源分配的平均主义、国际化程度较低、教学与研究的平衡问题、专业设置与排名评价标准的差异、独立研究机构的影响、企业博士的影响以及语言问题。