自考档案可能存在的问题主要包括以下几点：

档案丢失或损坏：

由于个人保管档案不当，可能会导致档案材料丢失或损坏，从而使档案失效，成为“死档”。

档案篡改：

个人持有档案期间，档案内容可能因篡改、误删等原因失去真实性和完整性，长时间持有档案还可能导致档案变成“死档”。

档案保存不当：

档案如果长时间放在个人手中而不进行正常流通，相关材料有可能丢失，甚至还有篡改档案材料的嫌疑。

档案托管问题：

如果单位没有档案管理权限，或者自考生处于无业状态，选择将档案存放在人才中心或者专业的档案存储机构是更为合适的选择。但若选择错误的托管机构或未能及时办理托管手续，也可能导致档案问题。

档案失效：

根据规定，档案在手中保存的时间超过两年就会使档案资料失效，不能正常工作。

档案未及时并档：

自考生在自考毕业后，应及时将自考档案与前置学历档案进行并档，否则可能影响后续升学、就业等。

档案提交错误：

在报名参加研究生考试时，不允许考生自持自学考试档案，需要招生院校自行提调档案，否则可能引发不必要的麻烦。

为了避免这些问题，建议自考生采取以下措施：

及时领取并妥善保管档案：

学校老师发放档案后，应尽快领取并妥善保管，避免长时间持有档案。

选择合适的档案托管机构：

无业或单位无档案管理权限的自考生，应选择将档案存放在人才中心或专业的档案存储机构，并确保档案的完整性和安全性。

定期检查档案状态：

定期检查档案的状态，确保其未被篡改或损坏，并及时与学校或相关机构联系，进行档案的补办或恢复。

及时并档：

自考毕业后，应及时将自考档案与前置学历档案进行并档，以便后续使用。

遵守档案管理规定：

在需要使用档案时，按照相关规定提交档案，避免自行提交或保存档案。