三本大学的学费相对较低的原因主要有以下几点：

优质教育资源利用和办学成本控制：

三本大学如福建农林大学东方学院依托母体高校福建农林大学丰富的教育资源，在师资、教学设施等方面实现资源共享，并通过有效的资源整合和成本控制降低学费开支。

政府补贴和政策支持：

政府为了鼓励更多学生接受高等教育，对部分三本院校给予了一定的补贴和政策支持，这些政策有助于降低学校的运营成本，从而减轻学生的学费负担。

收费透明公正，减少额外开支：

三本大学在学费收取方面遵循透明、公正的原则，确保学生及其家长能够清楚了解各项费用明细，避免产生不必要的误解和纠纷。

办学机制：

三本大学通常以民办机制运作，国家财政不拨一分钱，所有费用都来自学生的学费。而公办高校的学生学费相对较低，因为科研教育经费由国家财政拨款。

科研力量不足：

三本大学的科研力量相对较弱，无法从各类项目中争取到足够的经费，因此学费成为了学校最主要的收入来源。

人才重视与奖学金政策：

优秀高校为了招揽人才，可能会提供免学费甚至奖学金的政策，这些措施也会降低学生的实际学费负担。

综上所述，三本大学学费低的原因主要包括优质教育资源的共享、政府补贴、收费透明、民办机制以及科研力量不足等因素。这些因素共同作用，使得三本大学的学费相对较低，以吸引更多学生接受高等教育。