独立学院学生考研面临一些挑战，主要原因包括：

基础和备考氛围的差距：

独立学院的学生在基础知识和学术氛围上可能不如一本或二本院校的学生，这导致他们在考研准备过程中可能处于不利地位。

高就业率导致的高竞争：

独立学院的学生就业率很高，达到95%以上，这使得许多学生在毕业后选择直接就业而不是考研，从而减少了考研的人数，增加了剩余学生的竞争压力。

弃考率高：

部分学生因为身体原因、压力过大或其他原因选择弃考，这也影响了考研升学率。

公共科目成绩不佳：

独立学院学生在统考科目中的外语、数学、政治成绩多集中在50~60分之间，尤其是外语和数学，这成为他们考研的难点。

学历认可度问题：

三本独立学院的学生在考研时可能会遇到一些高校对民办大学或一般二本学生存在一定的排斥，即使分数相近，也可能优先选择较好大学的学生。

保研率较低：

独立学院的保研率相对较低，而985和211高校的保研率较高，这使得独立学院的学生在考研时需要付出更多的努力，才能获得录取机会。

综上所述，独立学院学生考研面临的主要挑战在于基础薄弱、备考氛围不足、高竞争压力、公共科目成绩不佳以及学历认可度问题。为了提高考研成功率，独立学院的学生需要尽早准备，选择合适的报考学校，并在各科目上取得均衡的进步。同时，他们也需要加强综合素质的培养，以增加自己在考研中的竞争力。