中科院研究所发放的文凭通常是研究生毕业证书。中国科学院的研究所大多数情况下归属于中国科学院大学（国科大）进行管理，因此，研究生毕业后通常会获得国科大的文凭。但也有少部分研究所归属于中国科学技术大学（中科大）进行管理，例如长春应化所、金属所、广州能源所、紫金山天文台、苏州纳米所等。在职研究生在没有特别说明的情况下，也是获得研究生毕业证书，只是在职研究生教育的性质是非学历的，所以没有学历证，只有学位证。
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