重庆作为直辖市，在高等教育方面存在一些挑战，以下是几个可能影响其高等教育质量的因素：

办学经费不足

尽管重庆大学作为教育部直属高校可以获得教育部的拨款，但地方政府的财政支持对于学校的发展至关重要。根据2024年的数据，重庆市属高校的预算普遍不高，没有一所超过20亿元，这可能限制了学校的发展。

排位落差感

重庆大学虽然是当地唯一的985工程高校，但在与其他城市的985高校比较时，可能存在一定的差距。重庆人有时会将重庆与其他城市如成都、武汉、南京等相比较，而重庆大学的排名和声誉可能不如这些城市的某些高校。

专业设置问题

在理工科强势的背景下，重庆大学在某些专业上可能不如其他高校。例如，土木建筑机械等传统专业可能不是吸引高分考生的热门选择。

生源问题

重庆大学的录取分数线在重庆本地可能较低，这可能与本地考生对学校的期望有关。同时，与其他省份的强势理工科211高校相比，重庆大学的分数线可能更低，这影响了生源质量。

历史和教育布局

重庆原为省辖市，且历史上省里资源倾向于省会，这可能影响了重庆高校教育的基础和布局。

与其他城市的比较

在双一流大学数量上，重庆与成都、西安、武汉等城市相比存在差距，重庆在高校教育方面还需努力追赶。

综上所述，重庆在高等教育方面面临的挑战是多方面的，包括财政支持不足、排位落差、专业设置、生源问题以及历史和教育布局的影响。这些因素共同作用，可能导致了重庆在高等教育质量上与其他一些大城市存在差距。