中国科学院（中科院）与清华大学、北京大学等综合性大学的主要区别在于：

成立与定位

中科院是中国最高的自然科学研究机构，专注于基础研究和战略科技研究。

清华大学和北京大学是中国顶尖的综合性大学，分别侧重于工科和文理学科。

层次与规模

中科院包含多个研究所和科研院所，覆盖多个学科领域，并在国内外享有高声誉。

清华大学和北京大学学科覆盖广泛，也是国内外高学术地位的综合性大学。

办学层次

中科院设有研究生院，主要培养研究生和博士生。

清华大学和北京大学提供本科教育，同时也有研究生层次的教育。

教育与科研重心

中科院的主要任务是科学研究，为国家决策提供科技支持，培养科研人才。

清华大学和北京大学在注重科研的同时，也强调教育和人才培养，其教育和研究生教育在国内外享有高声誉。

性质与任务方向

中科院是实质机构，负责科学技术和学术理论研究。

中国工程院是工程科技界的最高荣誉性和咨询性学术机构，侧重于工程技术领域。

机构设置

中科院包括分院、研究单位、学校及公共支撑单位等，分布在全国各地。

清华大学和北京大学作为综合性大学，包含不同的学院和学科，提供全面的教育服务。

院士制度

中科院和中国工程院分别有自己的院士制度，中科院院士代表自然科学领域的高级科学人才，工程院院士代表工程技术领域的高级技术人才。

中科院与清华大学、北京大学在培养人才、研究领域、教育层次等方面各有侧重，共同构成了中国科技发展的重要组成部分