小站原名叫 新农镇 ，后称小站镇。名字的由来有以下几个说法：

军事防御体系 ：1870年，李鸿章在海河与大沽口之间画出了一个半径约15公里的圆圈，建起了一个拱卫京城的军事防御体系——大沽口炮台及北洋水师大沽船坞等，小站是这个圆圈的圆心，战略地位重要，便在圆心处修筑了一个小兵营，称小站营盘。

醇亲王奕譞的赞叹 ：1875年，醇亲王奕譞奉旨检阅新军，看到小站营盘虽小，但军容整齐，赞叹道：“小小营盘，大大文章”。于是小站的名字便传开了。

小庙的传说 ：小站名字来源于一座小庙，庙门上书“小站营”三个字，人们便以“小站”命名此地。

淮军屯田驻扎地 ：小站又叫新农镇，原是淮军“盛字营”一个屯田驻扎地，如今以盛产稻米闻名，当地还保留着一个名为盛字营的村庄。

交通要道 ：小站原为斥卤之地，盐碱低洼，芦苇丛生。位于月牙河和马厂减河交汇处。清同治十年（1871），直隶总督李鸿章调提督周盛传率军驻青县马厂。不久奉命修筑新城炮台，为便于往返，军队在马厂和新城之间修建了马新大道，全长70公里。沿途设驿站，每隔20公里设一大站，每隔5公里设一小站。当时在道旁设一小站，此地原名叫北口子洼地，后以小站取代了原名。

新军训练基地 ：1895年，清朝在天津市津南区小站镇设立了一个新军训练基地，由于基地规模较小，因此被称为“小站”。

综合以上说法，小站原名新农镇，后因军事、交通等原因逐渐演变为今天的名称。