马赛拥有多所著名的大学，其中最著名的是 艾克斯-马赛大学 （Université de Provence Aix-Marseille）。这所大学是在2012年由马赛第一大学（Université de Provence）、马赛第二大学（Université de la Méditerranée）和马赛第三大学（Université Paul-Cézanne）合并而成的。它现在是法国规模最大的大学，也是法语国家和地区最大的大学。

艾克斯-马赛大学设有多个学院，主要包括法学院、经济学院、社会科学学院、人文学科与艺术学院、自然科学与技术学院及医学院，涵盖法律、经济、社会科学、文学、自然科学和医学等多个学科领域。

此外，马赛还有其他一些高等教育机构，如马赛中央理工学院（École Polytechnique de Marseille, EGIM）、马赛国立高等建筑设计学院（École nationale supérieure d'architecture de Marseille）和马赛经济管理学校（École des Affaires de la gestion de Marseille）等。

这些大学提供从本科到研究生各个层次的学位课程，并且在各自的领域内享有良好的声誉。马赛作为法国南部的文化中心之一，其高等教育机构在培养研究人员和专业人才方面发挥着重要作用。