日本留学生的档案存放有以下几种常见方式，您可以根据自己的情况选择最适合的方式：

学校保管

部分学校提供档案保管服务，通常可以免费保留1-2年。如果留学时间较短，可以选择这种方式。但需要注意的是，超过保管期限后，档案可能会被退回原籍，存在丢失的风险。

优点：安全可靠，手续简便。

缺点：无法计算工龄，留学期间的档案空白。

退回原籍

如果学校不提供保管服务，档案会被退回原籍，通常由生源地的人事局或教育局接收。这种方式手续简便且免费，但留学期间的档案同样空白，且不算工龄。

人才市场存放

可以将档案存放在户籍所在地的人才市场。这种方式适合未来计划在国内就业的留学生，因为可以计算工龄，但可能会失去应届生身份。

优点：计算工龄，就业手续简便。

缺点：流程繁琐，可能需要支付手续费。

教育部留学服务中心

教育部留学服务中心是专门为留学生提供档案管理服务的机构，适合自费留学的学生。存档后，回国办理学历认证、就业手续等更加方便。

优点：安全度高，服务完善，回国手续一站式办理。

缺点：无法保存户口，暂不计算工龄，且需邮寄到北京办理。

具体操作步骤（以教育部留学服务中心为例）：

登录教育部留学服务中心网上服务大厅进行注册。

上传所需材料，包括身份证、户口本、护照、签证、录取通知书等。

审核通过后，将档案通过机要或EMS快递至留学服务中心。

注意事项：

档案不能由个人保管，否则可能变成“死档”。

选择存放方式时，需综合考虑留学时间、未来就业计划等因素。

如果您有更多具体问题，可以进一步咨询相关机构或访问教育部留学服务中心官网获取详细信息。