物流公司需要缴纳的税种主要包括以下几种：

增值税 ：

陆路（含铁路）运输、水路运输、航空运输和管道运输服务，一般纳税人税率为11%，小规模纳税人税率为3%。

仓储、配送及货运代理等物流辅助服务，一般纳税人税率为6%，小规模纳税人税率为3%。

营业税 （如适用）：

物流企业一般按月报送营业税，税率为3%。

城市维护建设税 ：

税率根据地区不同，市区为7%，县、镇为5%，其他地区为1%。计算方式为应纳税额乘以税率。

教育费附加和地方教育费附加 ：

教育费附加为3%，地方教育费附加为2%。

印花税 ：

根据营业收入金额计算，如果提供发票则按发票金额缴纳。

个人所得税 ：

对于独资或合伙企业，需按实际应税所得和适用税率计算缴纳个人所得税。

对于公司制企业，需按实际应税所得计算缴纳企业所得税。

企业所得税 ：

基本税率为25%，对符合条件的小型微利企业、国家重点扶持的高新技术企业等可能有不同的优惠税率。

物流公司通常需要按月或按季度向税务部门报送税务申报表，并缴纳相应的税款。对于网上申报，企业可以登录当地税务系统的电子税务局进行操作。

建议

物流公司应确保按时申报和缴纳各项税款，以遵守国家税收法律法规，避免因漏报、错报而产生罚款或其他不利后果。同时，企业可以通过合理规划税务，利用税收优惠政策，降低税负。建议咨询专业的税务顾问或会计师，以确保税务申报和缴纳的准确性和合规性。