武汉大学有多个系在学术水平和科研实力上处于国内领先地位，以下是一些被认为最强的系：

理学系 ：拥有多个国家级重点学科和实验室，涵盖数学、物理、化学等基础学科领域，学术水平和科研成果在国内外享有高声誉。

测绘科学与技术 ：在软科世界大学学科实力排行榜上位居世界第一，对国家航空航天、北斗导航等科研领域发挥重要作用。

法学 ：源于1908年创办的湖北法政学堂，历史悠久，为社会主义法制建设培养了大量优秀的法律人才，2017年第四轮学科评估中马克思主义理论、地球物理学、图书情报与档案管理均获得A+评价，排名全国第一。

马克思主义理论 ：2017年第四轮学科评估中获得A+评价，排名全国第一。

地球物理学 ：与中国科学技术大学并列排名全国第一。

图书情报与档案管理 ：2017年第四轮学科评估中获得A+评价，排名全国第一。

临床医学（八年制，本博融通） 和 口腔医学（八年制，本博融通） ：均为王牌专业。

计算机类（国家网络安全学院） ：在计算机科学领域享有高声誉。

经济学 ：特别是理论经济学领域有显著优势。

工商管理 、 会计学 、 金融学 等管理学类专业也具有很高的声誉。

文学与历史学 ：特别是中文系、历史系和新闻传播学方面具有较强的实力。

水利工程专业 、 测绘工程 、 地理信息科学 、 遥感科学与技术 、 导航工程 、 印刷工程 等获得全国第一名。

这些系在各自领域内具有显著的优势和影响力，选择哪个系最好还需根据个人的兴趣和职业规划来决定。如果对基础科学和工程技术感兴趣，理学系和测绘科学与技术系是理想的选择；如果希望从事法律相关工作，法学系则是一个很好的选择；而如果对经济管理、金融等领域感兴趣，经济学和管理学类专业也是值得考虑的。