施工单位在与业主合作过程中，应采取以下措施以确保项目的顺利进行和双方良好关系的维护：

明确合同条款 ：在项目开始前，施工单位与业主应签订详细的合同，明确双方的权利和义务，包括工程范围、付款方式、质量标准等。

有效沟通 ：施工单位应主动与业主保持沟通，及时反馈工程进度、遇到的问题及解决方案。双方应共同明确项目目标，包括时间进度、质量要求和成本控制，确保利益一致。

施工记录 ：施工单位需做好施工记录，如施工日志、变更通知单等，作为对账和沟通的依据。

质量验收 ：工程完工时，施工单位应严格执行质量验收标准，确保工程质量符合合同要求。

提供对账单据 ：对账时，施工单位应提供清晰的文档，如工程量清单、支付证明、验收报告等，方便业主核对。

处理纠纷 ：如遇纠纷，双方应本着诚信原则，通过协商和调解解决，避免影响工程进度和双方关系。

后期服务 ：工程完工后，施工单位应提供必要的维护和技术支持，确保业主权益。

尊重业主权益 ：施工单位应尊重业主的权益，按合同要求完成施工任务，并关注业主需求变化，及时调整施工方案。

及时解决问题 ：当出现问题时，施工单位应积极与业主沟通，并提供解决方案。

灵活变通 ：施工单位应具备灵活性，根据业主需求做出调整，同时业主也应理解施工中可能出现的意外情况。

确保沟通顺畅 ：建立有效的沟通渠道，确保信息传递顺畅，避免误解和矛盾。

配合业主管理 ：施工单位应配合业主管理，优化资源配置，确保工程顺利完成。

通过上述措施，施工单位可以更好地与业主合作，确保项目的顺利进行，并维护双方的良好关系。