考研歧视学校的原因是多方面的，主要包括以下几点：

高考成绩的影响 ：部分导师看重高考成绩，认为一本学生学习能力更强，而二本三本学生的高考成绩相对较低，在导师眼中可能存在劣势。

复试成绩的压力 ：二本三本学生在考研中常“低空飞行”，成绩刚刚过线，勉强进入复试，相比之下不占优势。此外，这些学生可能缺乏实践精神和创新意识，综合素质相对偏低，这使得他们在复试中容易失去优势。

学校声誉的考量 ：一些学校为了提升自身知名度，认为招收民办院校的学生可能会拉低学校的声誉。他们更倾向于招收重点高校的学生，对民办院校的学生存在一定程度的歧视。

不信任民办院校 ：有些学校对民办院校的教学质量存在刻板印象，认为民办院校的学生在知识储备和能力水平上天然就低人一等。这种不信任导致在招生过程中对民办院校学生有所歧视。

保护本校生源 ：高校往往更倾向于保住自己已知既有的优秀生源，而不愿意冒险招收其他院校的学生。这种心态使得一些学校在招生过程中对非本校学生存在歧视。

个人偏好和排面问题 ：部分高校在招生过程中会考虑学生的本科院校背景，对来自重点高校的学生给予更多的关注和机会。这种主观思维上的“好学校代表好生源”导致对非重点高校学生的不公平待遇。

政策倾向和补贴 ：国家政策、经费、师资的补贴等因素对不同院校有所倾斜，这使得一些高校更倾向于招收来自这些学校的优秀学生，从而产生歧视。

竞争激烈 ：由于考研竞争激烈，竞争对手来自全国各个层次院校，一些学校可能在复试过程中对某些学校或专业的学生存在歧视，以确保录取到更优秀的学生。

招生政策和管理 ：一些高校在招生政策和管理上存在不足，可能导致在复试过程中对某些学校或专业的学生存在歧视现象。例如，不保护一志愿的高校可能会让调剂考生与一志愿考生同时进行复试，甚至存在暗箱操作的情况。

地域和经济发展因素 ：一些地处偏远地区的985高校，如兰州大学，由于发展相对滞后，可能会更倾向于招收本科在985、211院校就读的学生，而非双非院校的学生。

综上所述，考研歧视学校的原因是多方面的，包括高考成绩、复试成绩、学校声誉、对民办院校的不信任、保护本校生源、个人偏好、政策倾向、竞争激烈、招生政策和管理以及地域和经济发展因素等。