甲方在管理总包单位时，可以采取以下措施：

明确项目目标和范围 ：

在项目启动之初，甲方需要与总包一起明确项目的最终目标、预算范围及时间框架。这有助于确保每个参与方都朝着同一个方向努力，并便于后期的绩效评估。

建立有效的沟通机制 ：

定期组织项目会议，邀请总包的项目经理及关键成员参加，及时交流项目进展、讨论问题和挑战、共同制定解决方案。

利用现代化的项目管理工具，如电子邮件、即时通讯工具、项目管理软件等，保持实时的沟通和信息共享。

实施严格的质量控制 ：

总包单位应建立完善的质量管理体系，确保工程质量在各个环节受控。

在施工过程中，总包单位应进行质量预控，制定施工组织设计和各项施工方案，并按规定流程逐级审核批准。

总包专职工程师、质检员应根据分包的施工方案、技术交底等对分项工程进行验收，发现不合格或现场实际与资料不符，将责令有关分包方限期整改。

进行细致的进度监控 ：

制定工程总进度目标和总方案，按审批后的工程进度方案，采用适当的方法定期跟踪、检查工程实际进度状况，与方案进度对照、比较找出两者之间的偏差，并对产生偏差的各种因素及影响工程目标的程度进行分析与评估。

组织、指导、协调、监视监理单位、总包及相关单位，及时采取有效措施调整工程进度方案，使工程进度在方案执行中不断循环往复，直至按设定的工期目标如期完成，或在保证工程质量和不增加工程造价的条件下提前完成。

落实合同管理 ：

利用合同条款和完善的管理制度对总包单位进行规范管理，确保总包单位按照合同要求履行其职责。

在合同中明确质量、安全、进度和造价等方面的要求，并通过合同执行情况的监督和检查，确保总包单位按计划完成项目。

强化安全管理 ：

总包单位及各专业分包单位分别建立以项目经理为首的安全生产领导小组，有组织、有领导地开展安全生产活动。

加强现场安全检查力度，进行定时或不定时的安全检查制度，并根据情况随时召开安全检查专题会议。

严格材料控制 ：

所有建筑工程所使用的材料都必须满足要求。甲方要对建筑材料严把“四关”，即采购关、运输保管关、检测关和使用关。

建立问题反馈和解决机制 ：

设立问题反馈渠道，确保问题能够及时发现和解决，避免影响项目进度和质量。

通过以上措施，甲方可以有效地管理总包单位，确保项目的顺利进行和最终成功。