注册会计师保持独立性的方法主要包括以下几个方面：

机构独立 ：

确保审计机构是独立的专职机构，与被审计单位没有直接的利益关系。

审计机构应单独设置，与被审计单位没有组织上的隶属关系。

人员独立 ：

注册会计师应避免在被审计单位担任任何职务或持有其股权，确保没有利益冲突。

审计人员不能是被审计单位最近几年的员工，与被审计单位高层不得有直系亲属关系。

审计人员必须具有相应的技术能力，能独立执业，不受外部力量影响其判断。

经济独立 ：

注册会计师应保持经济上的独立，避免与被审计单位存在经济利益关联。

审计人员与被审计单位应当不存在任何经济利益关系，不参与被审计单位的经营管理活动。

提升形式上的独立性 ：

确保注册会计师与被审查企业或个人没有特殊的利益关系，如不得拥有被审查企业股权或承担其高级职务。

注册会计师不能是企业的主要贷款人、资产受托人或与管理当局有亲属关系等。

提升实质上的独立性 ：

注册会计师在执行审计或其他鉴证业务时，应保持客观无私的精神态度，不受个人或外界因素的约束和影响。

注册会计师应在实质上和形式上没有任何被认为有影响独立、客观、公正的利益。

完善公司治理结构 ：

规范制度基础，确保注册会计师产生的前提条件是财产所有权和经营权的分离。

改革事务所组织形式，推行合伙制，以增强社会责任感和民事赔偿能力。

实行咨询与审计分业经营 ：

借鉴美国做法，实行业务分拆，有助于促进各会计师事务所把精力集中在核心业务上，切实保证注册会计师的独立、客观、公正。

加强审计制度建设 ：

平衡审计与被审计方力量，改善审计委托关系。

建立合理的激励机制，提高代理效率。

加强独立意识建设 ：

加强注册会计师的职业道德教育。

加强会计师事务所的企业文化建设。

通过以上措施，注册会计师可以在审计过程中保持独立性和客观性，从而确保审计结果的真实性和公正性。