自动化专业考研可以考虑以下研究所：

中科院自动化研究所 ：成立于1956年，是中国最早成立的国立自动化研究机构。研究方向包括智能技术、复杂信息的智能计算、复杂系统的智能控制、集成化智能系统等。

中科院长春光机所 ：主要研究领域包括基础光学、空间光学、光电工程等。

清华大学 ：拥有传统优势的控制理论与控制工程方向，控制系统集成研究所、过程控制研究所和控制理论研究所实力较强。

天津大学 ：在检测技术与自动化装置方向有较强实力，且该方向与仪表、测试等方向非常接近，实用性很强。

上海交通大学、浙江大学、东南大学 ：这些学校在自动化专业的研究方向和实力上也很强，尤其是在控制理论与控制工程、检测技术与自动化装置、系统工程等方面。

国防科技大学、华中科技大学 ：在自动化专业的研究方向和实力上也很强，尤其是在系统工程、智能决策、智能交通等方面。

哈尔滨工业大学 ：在导航、制导与控制方向有很强的实力。

北京航空航天大学、哈尔滨工程大学 ：这些学校在导航、制导与控制方向也有很强的实力。

中国科学院上海高等研究院 ：虽然主要研究方向可能不完全集中在自动化，但也是一个值得考虑的研究机构。

计算技术研究所 ：虽然主要研究方向可能不完全集中在自动化，但也是一个值得考虑的研究机构。

建议根据个人兴趣和研究方向，选择最适合自己的研究所。同时，考虑到各研究所的招生情况和难度，提前做好准备和规划。